Auf mittleren Lagen im Jura ist die Rot-Buche die von Natur aus dominante Baumart. Dort stocken entsprechend Buchenwaldgesellschaften: auf den Hochebenen des Tafeljuras Lungenkraut- und Waldmeister-Buchenwälder, an Süd- und Westseiten Seggen-Buchenwälder mit Wärme liebenden Elementen und an Nord- und Osthängen, vor allem auf Kalkschutt, Zahnwurz-Buchenwälder.

Im Schwarzwald mit anderen Böden als im Jura dehnen sich grossflächige, im Jura nur inselartig vorkommende Hainsimsen-Buchenwälder aus. Besonders interessante Wälder wachsen auf Standorten mit besonderen, teils extremen Bedingungen: entlang von Bächen Bacheschenwälder, entlang von Flüssen Auenwälder, auf losem Blockschutt Lindenmisch- und Hirschzungen-Ahornwälder, an felsigen Süd- und Westseiten tieferer Lagen Flaumeichenwälder, in der Höhe Grat-Föhrenwälder.

Wo die Bedingungen hinsichtlich Exposition, Böden und Wasserversorgung kleinräumig stark wechseln, ist eine entsprechende Vielfalt an Waldgesellschaften ausgebildet. Dazu kommen die Unterschiede je nach Höhenstufe.

In der regenarmen Oberrheinebene herrschen von Natur aus Eichenwälder vor. In höheren Lagen werden die Buchenwälder von solchen mit vielen Tannen, Fichten und Bergahorn abgelöst. Strukturell interessant sind auch Relikte einstiger Waldbauformen, insbesondere eichenreiche Mittelwälder oder Bestände mit Stockausschlägen als Relikt der früheren Niederwaldwirtschaft.

• Hartholzaue in den Langen Erlen: unter anderem mit Flatter-Ulme, Gelbem Windröschen, Festknolligem Lerchensporn; besonders schön zur Zeit der Frühblüher im März–April
• Ermitage und Umgebung, Arlesheim: Vielfalt an gut ausgebildeten Waldgesellschaften, hier besonders Flaumeichenwälder
• Schlossfelsen Pfeffingen – Burgengrat: Vielfalt an Waldgesellschaften, hier besonders Lindenmischwälder
• Rehhag-Rücken zwischen Waldenburg und Rehhag: Vielfalt an gut ausgebildeten Waldgesellschaften, hier besonders Grat-Föhrenwälder und Buchs-Flaumeichenwald
• Elsässer Hardwald nordwestlich von Bartenheim-la-Chaussée (von Huningue aus führt ein Veloweg dem Canal de Huningue entlang bis nach Rosenau). Die eichenreiche Elsässer Hard enthält einige spezifische, auf Schweizer Boden fehlende Waldpflanzen (siehe Exkursionsführer von Huovinen u. Schläpfer „Die Pflanzenwelt der Region Basel“).
• Lindenmischwald am Fuss der Schauenburgflue: Sondergesellschaft mit imposantem Bergsturzrelief
• Schluchtwald im Chaltbrunnental: der Weg führt von Grellingen aus durch die eindrückliche Schlucht bis nach Meltingen (siehe Exkursionsführer von Huovinen u. Schläpfer „Die Pflanzenwelt der Region Basel“)
• Bergwälder im Jura und Schwarzwald (ab rund 1000 m ü. M.): enthalten alpine Höhenarten, die den Wäldern tieferer Lagen fehlen.
• Relikte früherer Mittelwälder: Allschwiler Wald, Lange Erlen, Muttenzer Hard (eichenreiche Wälder mit Hagebuchen)